ในปี พ.ศ. 2006 สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ (1991-2031) แห่ง กรุงศรีอยุธยา ย้ายเมืองหลวงของอาณาจักรของพระองค์ไปที่พิษณุโลกและสั่งการสถาปนาวัดใหม่เช่นเดียวกับการฟื้นฟูวัดเก่าที่มีอยู่ วัดราชบูรณะย้อนหลังกลับไปก่อนรัชสมัยของพระองค์ในพิษณุโลก พระองค์สั่งให้สร้างเจดีย์และสิ่งก่อสร้างอื่น ๆ ในเขตของวัด ทุกวันนี้เจดีย์เกือบทั้งหมดเป็นสิ่งก่อสร้างเดิม อย่างไรก็ตามสิ่งก่อสร้างอื่น ๆ ถูกสร้างขึ้นท่ามกลางซากปรักหักพัง ครั้งหนึ่ง พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ 4) เป็นผู้นำในการก่อสร้างและบูรณะวัด